Das Martin Bucer Seminar unterhält neben den Studienzentren mehrere Forschungsinstitute oder betreut diese gemeinsam mit Partnerorganisationen. Die Arbeitsbereiche der Institute korrespondieren mit Schwerpunkten des Seminars. Das MBS engagiert sich auf den Gebieten Christenverfolgung und Religionsfreiheit, Abtreibung und Familienpolitk sowie Islamwissenschaft. Zudem sind Mitarbeiter des Seminars im Arbeitskreis für Theologie des Netzwerkes „Hope for Europe“ (Europäische Evangelische Allianz) tätig.
Folgende Institute und Initiativen sind mit dem Martin Bucer Seminar verbunden:
International Institute for Religious Freedom (IIRF)
Das IIRF ist ein Netzwerk von Forschern und Fachleuten aus allen Erdteilen, die sich um die Erarbeitung von belastbaren Daten zur Einschränkung von Religionsfreiheit und um Aufnahme der Thematik in akademische und theologische Programme bemühen.
Institut für Islamfragen der Weltweiten Evangelischen Allianz (IFI)
Das IFI möchte der theologischen und gesellschaftspolitischen "Herausforderung Islam" in Europa durch Information und Aufklärung begegnen. Der Islam soll aus seinen Quellen heraus so dargestellt werden, wie er sich selbst versteht.
Institut für Lebens- und Familienwissenschaften (ILFW)
Das 2004 neugegründete und im Aufbau befindliche ILFW besteht aus einem Forschungszweig für Lebenswissenschaften und einem Forschungszweig für Familienwissenschaften. Es hat die Aufgabe, die Belange der Lebensrechtsbewegung in Deutschland und Europa (EU) durch Forschung und Veröffentlichungen zu unterstützen.
Hope21
Das Netzwerk Theologie von „Hope for Europe“ berät Mitarbeiter der Europäische Evangelische Allianz in theologischen Fragen und erstellt Gutachten.